Capilla de San Juan Bautista-Capilla de la Universidad

A uno de los lados de la Universidad, junto al arco del Barbudo, destaca su capilla, dedicada a San Juan Evangelista, acabada a finales del siglo XVI.

La fachada principal se encuentra formando unidad con la de la Universidad. En la portada, donde abre un arco de medio punto flanqueado por dos columnas estriadas, se repite la decoración basada en adornos geométricos, tan común en el renacimiento que Vandelvira impuso en la región. Aparecen  los escudos del canónigo fundador adosado a los lados. Los tres óculos que se hayan sobre la puerta, corresponden a las ventanas con las que se ilumina el coro. Corona la ventana del tercer cuerpo una venera, atributo de Santiago. Tanto ésta como la otra portada de la capilla, destacan sobre la de la Universidad, significando ser aquellas más importantes por ser las entradas a la casa de Dios.

En la fachada de poniente, dos fuertes machones la dividen en tres tramos, hallándose el último sobre la antigua barbacana de la muralla, dando forma al ábside angular. Una entrada secundaria abre en esta fachada que, aun no llegando a la grandiosidad de la puerta principal, repite el juego de columnas, ventanas y adornos de la otra, además de los inevitables escudos del fundador. Una lonja salva con una elegante escalinata el desnivel del suelo.

En la esquina, pegada al Arco del Barbudo, destaca la torre. En ella se repiten las formas del campanario de la Catedral, un primer cuerpo de planta cuadrada al que sigue un cuerpo octogonal. Se adornan las esquinas liberadas con cuatro jarrones en piedra de gran tamaño. Sorprende el que sobre tan escasa base pueda guardar el equilibrio tal mole. Los adornos con discos vidriados que aparecen no solo en la torre, mas en todo el edificio, son comunes en los edificios de la época por toda la comarca.

El interior consiste en una sola nave de medio cañón. Cubre el crucero una cúpula de pechinas decoradas con escudos pintados. Sobre una bóveda rebajada a los pies de la nave se haya el coro.

Junto al altar, la escultura del clérigo arrodillado, hecha en mármol de carrara por Juan de Vera en 1590, es el sepulcro del fundador del nuevo edificio, D. Pedro Fernández de Córdoba.