Este palacio perteció a una de las más importantes familias del siglo XV, los Benavides, señores de la villa de Jabalquinto. No es casualidad que se halle en la plaza de Santa Cruz, ya que en aquella época, ésta que era calle Real, junto a la plaza de Santa María fue la zona más importante de la ciudad.
Perteneció a la familia hasta 1720, en que cedieron el edificio a la Congregación Filipense del Oratorio para su utilización como seminario hasta fechas muy recientes. Tras un tiempo de abandono, lo ocupa actualmente la sede Antonio Machado de la Universidad Internacional de Andalucía.
De su fachada, que mandó levantar su primer señor D. Juan Alonso de Benavides, no se conoce con certeza el autor, aunque se le atribuye o bien a Enrique Egas, arquitecto del Hospital de los Reyes Católicos de Santiago de Compostela, o bien a Juan Guás, autor del Monasterio de San Juan de los Reyes de Toledo.
Trabajada en estilo gótico isabelino a la manera de retablo de tres cuerpos, a sus lados dos balcones sobre columnas hacen las veces de torres, como muestra del poder y nobleza de la familia. Construido con motivo de una boda, esconde multitud de detalles eróticos, como las figuras desnudas de la puerta o los mocárabes con los que se adornan los balcones, que según los baezanos tienen sexo, uno macho y el otro hembra. No extraña que cuando la familia cedió el palacio para seminario, pusieron como condición que no se tocara nada de la fachada, por miedo de que a los nuevos ocupantes no les gustasen estos detalles.
No obstante, otros adornos son más acordes a la religiosidad de la época, clavos que insinúan la cruz de San Andrés y flores de cardos que formando cruces simbolizan la Pasión.
Abre a la plaza la entrada con un arco conopial circundado por las catorce figurillas desnudas y cuatro ventanas geminadas con adornos similares a los de la puerta. Sobre éstas, ocho escudos, cuatro de D.Juan Alonso de Benavides y Manrique, segundo señor de Jabalquinto y nieto del poeta, Benaviedes, Biedma, Manrique y Mendoza, y Rojas; y otros cuatro de su esposa Dña. Beatriz de Valencia y Bracamonte, Valencia, Bracamonte, Acuña y Mendoza.
En el siglo XVII se levantó la galería con arcos de medio punto sobre columnas toscanas. En las enjutas vuelve a aparecer los cuatro escudos de la familia.
Es a tener en cuenta el desnivel de la calle que se tuvo que salvar, marcado por el zócalo del edificio.
También aquí es el patio el que articula el edificio. Construido en estilo manierista, entre 1599 y 1600, según muestra una inscripción en la base de las claves de dos arcos. De planta cuadrada, cada lado tiene 17 metros. La doble galería de arcos de medio punto se apoya sobre columnas de mármol con capiteles corintios. En las enjutas de los arcos aparecen los escudos nobiliarios de los dueños de la casa y ángeles niños en las esquinas.
Al fondo destaca la barroca escalera monumental construida entre los siglos XVII y XVIII. Se pasa a ella por un triple arco a modo de arco de triunfo, con los escudos coronados de los Bazán en las enjutas, modelo que se repite en la planta noble.
Un amplio pasamanos se apoya sobre balaustres labrados en piedra. Sobre ellos, en unos entrepaños triangulares figuran sobre un fondo de acantos y frutos, dos relieves de leones símbolos de los Benavides. Sobre uno ellos dos corazones enmarcados con una daga, atributo de la Virgen, y sobre el de enfrente, una corona de espinas y una cruz, como atributo de Jesucristo.
Ya en el año 656, durante el reinado del rey visigodo Wamba, pasó a Baeza la sede episcopal que se hallaba con anterioridad en Cástulo. En el 675 se menciona en documentos la sede episcopal de Biatia con su obispo Rogato, signatario del XI concilio de Toledo. Incluso permaneció como sede episcopal durante la ocupación musulmana, encontrándose con ella el rey Alfonso VIII tras la primera conquista de los cristianos en 1147. Por todo esto, tras la conquista definitiva de la ciudad, el rey Fernando III restaura en ella la silla del obispo en la persona de Fray Domingo, pariente de D. López Díaz de Haro, señor de Vizcaya que quedó encargado de la defensa de la ciudad.
Es entonces cuando se hace cargo de la obra Andrés de Vandelvira, imponiendo
el estilo renacentista, marcando un camino que sus sucesores no se atrevieron a dejar.
